Собор - один из стариннейших храмов Екатеринбургской епархии. Храм построен в 1702 году на средства прихожан, жителей Нейво-Алапаевского завода, однопрестольный в честь св. человека Божия Алексия. Впоследствии в разные годы были пристроены колокольня и два придела в честь Пресвятой Троицы и Архистратига Михаила. Большие размеры и три придела дали основание Святейшему Синоду присвоить храму в 1912 году статус собора. Период гонений на Церковь не обошел и этот храм, с 1932 по 1992 год, храм пребывал в поругании в нем размещался хлебозавод. С 1992 года Свято-Троицкий собор является архиерейским подворьем. Этот храм (как и храм св. Екатерины, нынешнее подворье монастыря) посещали в 1918 году Великие князья Романовы и Святая Елисавета, находясь под стражей в Напольной школе. Как членам Императорской фамилии им оказывалось со стороны священства внимание, но посещение церкви было единственным утешением для князей.