Храм Зодзодзи был построен в 1393 году и перемещен к настоящему месторасположению в 1598 году Иэясу, что бы духовно защитить свою новую столицу. Это главный храм буддийской секты Jodo в районе Канто.
После переезда Токугава Иэясу в Эдо в 1590 году храм Зодзодзи стал семейным храмом Токугава. В основании храма находится семейный мавзолей Токугава, а герб семьи Токугава до сих пор украшает главное здание храма.
Главные ворота храма Сангедацумон были построены в 1605 году в стиле китайской династии Танг.
Существующее здание датируется 1974 годом. Поблизости расположены Даймон ("большие ворота") и Саммон ("великие ворота", 1622г.).