Основными задачами и направлениями деятельности Морского заповедника являются: охрана заповедной территории и акватории; описание морских и островных биоценозов заповедника и их динамики в результате естественных процессов и антропогенных воздействий; разработка научных основ сохранения и восстановления морских и островных биоценозов заповедника, направленных на решение проблемы сохранения генофонда; разработка рекомендаций для морского заповедного дела; пропаганда охраны природы путем организации музея и выставок, публикации научной и научно-популярной литературы о морской природе и ее сохранении.