Этнологический миссионерский музей был основан в 1926 году по приказу папы Пия XI и разместился в Латеранском дворце. Затем папа Павел VI перенес её в Ватикан, в новое здание.
Изначально в коллекции музея находилось около 40 тысяч экспонатов, позднее она разрослась до 100.000 объектов со всего мира для пополнения экспозиции. В музее представлены экспонаты, иллюстрирующие религиозные культы самых разных стран: Китай, Корея, Тибет и Монголия, Япония, Африка, Америка, Океания. Осмотр музея дает возможность посетителям познакомиться с предметами быта, культурой и религией народов этих континентов. Часть коллекции философского и религиозного содержания включает культовые предметы и каменные фигурки богов, другая часть - строго этнографическая и предназначена только для ученых и специалистов.