Санаторий Янган-Тау расположен в 180 км к северо-востоку от столицы республики Башкортостан г. Уфы, в 198 км от аэропорта Уфы и в 45 км от станции Кропачево Южно-Уральской железной дороги.
Санаторий находится на возвышенном берегу реки Юрюзань на высоте 413 м над уровнем моря, у подножья горного хребта Каратау, в 3 км от горы Янган-Тау.