Музей в Новороссийске создан в 1916 г. как "Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа" по инициативе Черноморского вице-губернатора Л.А. Сенько-Поповского. В основе коллекции музея - материалы, которые собирались с 1894 г. и хранились в городской библиотеке.
В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё и начал своё возрождение после освобождения города.
16 сентября 1960 года в новом помещении по ул. Советов, 58 были торжественно открыты новая экспозиция музея и диорамный триптих "Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков. 1943 г.".
44.7167, 37.779