Музей основан 9 июня 1984 года в поселке Зеда-Чхутунети Хелвачаурского муниципалитета. Инициатором и создателем музея являлся местный житель Зураб Нагервадзе, который был директором музея со дня его открытия до 1995 года. В 1995 году после смерти Зураба Нагервадзе его сын Малхаз стал руководителем музея.
Музей расположен в старинном здании бывшей мечети. Это трехэтажное здание. Первый этаж построен из камня, а второй и третий из дерева. Само здание представляет собой музейный экспонат с его архитектурными украшениями, орнаментальной росписью 200-летней давности и камином 1833 года. В экспозиции - археологический материал, собранный местными жителями (случайные находки). В основном, это утварь, орудия труда, монеты. Также в музее хранятся работы местных художников, мастеров прикладного искусства, этнографические материалы, документальный и фотоматериал, отражающий особенности Аджарии.
В настоящее время музей посетило около 23000 посетителей. С 2007 года музей был включен в Хелвачаурский культурный центр и получил новое имя - теперь он называется Чхутунетский историко-этнографический музей (до 2007 года - Махачельский историко-этнографический музей по названию национального парка Махачела, в котором находится поселок).