Целью создания заповедника является охрана ненарушенных экосистем таежного Забайкалья, в частности, интереснейшего гольца Сохондо (потухший третичный вулкан), считавшегося у местного коренного населения священным. Особая достопримечательность Сохондо заключается в том, что в этом горном узле начинаются реки, принадлежащие бассейнам разных океанов - Тихого (бассейн Амура) и Северного Ледовитого (бассейн Селенги и Байкала, Ангары и Енисея).