Первое упоминание крепости в летописи – 1240 год, когда немецкие рыцари построили деревянный замок, в 1297 году новгородцы возвели каменную крепость. Рядом с крепостью бежит несколько обмелевшая речка Копорка, давшая свое имя Копорью. Всего несколько сотен лет назад Копорье стояло на берегу моря, точнее, на берегу Финского залива: известно, что Балтийский щит, тектоническая плита, на которой покоятся все берега Восточной Балтики, медленно поднимается, болота постепенно пересыхают, реки мелеют, а Финский залив год от года отступает. Теперь Копорье находится в 10-12 километрах от моря. Несколько раз крепость переходила от русских шведам и обратно, в 1703 года войска Петра I освободили крепость, она теряет военное значение и становится собственностью А.Д. Меншикова. Во время опалы Меншикова крепость была подарена Разумовскому, позже продана В.Н. Зиновьеву (во время революции семья Зиновьевых эмигрировала в Англию).
Во время Великой Отечественной крепость не имела военного значения, а Спасо-Преображенский собор был переоборудован немцами в кинотеатр. В 1970 году в крепости начались реставрационные работы. Но они в основном сводятся к консервации архитектурного памятника, чтобы не дать ему разрушаться.
С 2001 года в крепости располагается музей. Копорье - самая близкая к Санкт-Петербургу средневековая крепость. И еще крепость, которая реже других посещается туристами – сюда непросто добираться.