Решение о его создании было принято в 1976 году, через 4 года музей встретил первых посетителей. Всего в музее 9 залов, где представлено множество экспонатов древней и средневековой истории народов Южного Урала. Фонд музея состоит из ценнейших археологических, антропологических и этнографических коллекций, экспонаты которых были добыты во время научных экспедиций. Жемчужиной коллекции, несомненно, является "Сарматская коллекция". Она была обнаружена в 1988 году при раскопках Филипповских курганов. Тогда находками экспедиции стали предметы быта древних сарматов, среди них 26 золотых фигурок оленей. Кроме того, в коллекции музея имеется порядка 700 уникальных экспонатов в виде золотых архар, ритонов и посуды с золотыми накладками с изображениями птиц и зверей, конских подвесок, женских украшений и холодного оружия. В музее собрана уникальная коллекция по хозяйству, быту и культуре башкирского народа. Коллекция состоит из разделов: "Этногенез и этническая история башкирского народа", "Быт и культура башкирского народа в конце XIX - начале XX веков", "Скотоводство", "Земледелие", "Пчеловодство", "Охота", "Деревянная утварь", "Оружие", "Прядение и ткачество", "Одежда", "Декоративно - прикладное искусство", "Музыкальные инструменты", "Украшения".
Отдельные экспонаты и коллекции музея принимали участие и на международных выставках. В 1990 году экспонаты "Сарматской коллекции" были представлены на международной выставке ювелирных фирм, проходившей в рамках международного гемоллогического симпозиума "Гемфест - 90" в Италии, на выставке "Русская неделя в Швеции". В 2000 - 2003 годах была организована международная выставка "Золотые олени Евразии: скифские и сарматские сокровища российских степей", которая проходила в Музее Метрополитен г. Нью-Йорк, в Музее современных искусств Палаццо Реале в Италии, в Московском Государственном историческом музее.
С 1976 года музей дважды обновлял свои экспозиции. Первая экспозиция открылась в 1980 году, вторая - в 1992 году. Наряду с постоянной экспозицией, в музее проводятся временные выставки. В разные годы здесь проходили выставки: "Сокровища сарматских курганов", "Женский костюм финно-угорских народов", "Чувашское народное искусство", "Русский мещанский быт начала ХХ века", "Вышивка в интерьере жилища", "Филипповские курганы: предметы конской сбруи, глиняная посуда и женские украшения", персональные выставки художника - модельера А. Кирдякина и ученого-исследователя Р. Зиннурова и многие другие.
54.721, 55.9393