Музей был спроектирован архитекторами Альфредом Месселем и Людвигом Хофманом и построен в 1910 - 1930 гг. В нем хранятся реконструированные монументальные сооружения в натуральную величину, такие как Алтарь Пергамон, Рыночные ворота из Милетуса, Ворота Иштар, состоящие из частей, привезенных с мест археологических раскопок. Музей подразделен на античную коллекцию, музей Среднего Востока и Музей исламского искусства. Ежегодно его посещают около 850 000 человек. Музей Среднего Востока, расположенный в южном крыле, содержит одну из крупнейших коллекций предметов искусства из древнего Вавилона, Персии и Ассирии. Среди экспонатов представлены процессионная дорога с воротами Иштар из Вавилона, датируемая 580 годом до н.э, тронный зал Навуходоносора, а также клинообразные глиняные кусочки, подтверждающие существование цивилизаций, создававших керамику, стекло и металлические объекты в то время, когда Европа ещё была переполнена примитивными племенами. Верхний уровень музея Пергамон принадлежит музею исламского искусства, где размещены экспонаты, созданные в 8-19 веках н.э. Особый интерес вызывают миниатюры, ковры, резьба по дереву, а также фасад незаконченного исламского дворца Мшатта, подаренного Оттоманским султаном Абдулом Хамидом II императору Германии Вильгельму II.