Музей Льва Троцкого расположен в Койоакане, в доме, где известный русский революционер провел последние годы своей жизни. Когда здесь жил Троцкий, район был буржуазно-богемным пригородом Мехико. Лев Троцкий прибыл в Мексику в 1937 году по личному приглашению президента Мексики Ласаро Карденаса, предоставившего ему политическое убежище. Первые два года Троцкий жил на соседней улице в «Голубом доме» у Фриды Кало и Диего Риверы. Однако, после романа с Фридой Кало, по настоянию своей супруги Натальи Седовой, Троцкий переселился в дом на соседней улице.
Лев Троцкий превратил свой дом в настоящую крепость: он знал, что рано или поздно его придут убивать. Но железные ставни, двойные стены и полицейский патруль так и не спасли ему жизнь. Смертельный удар был нанесён агентом НКВД, внедрившимся в окружение революционера. В мае 1940 года в доме было совершено первое неудачное покушение. Группа из 20 убийц под предводительством художника Давида Альфаро Сикейроса ворвалась в дом Троцкого и буквально изрешетила пулями всю мебель. В кровать попало примерно 50 пуль, и её пришлось заменить. Всего же было выпущено 200 пуль. Троцкий и Седова сумели укрыться и в тот день не пострадали. После этого случая президент Мексики Лазаро Карденас приказал укрепить дом и усилить охрану Троцкого. Испанец Рамон Меркадер сумел внедриться в окружение Троцкого и регулярно бывал у него в гостях. 20 августа 1940 года, зайдя в кабинет к опальному деятелю революции, Меркадер нанес ему по голове смертельный удар ледорубом. Лезвие вошло в череп на 7 сантиметров; Троцкий умер в больнице на следующий день.
Дом-музей был официально открыт 20 августа 1990 года. В просторной комнате специального музейного здания, которого при Троцком не было, собрана прекрасная библиотека: его книги, книги о нём, о революции, о России, о мире, старинные подшивки "Правды", "Геральд Трибюн" и ещё десятки изданий. Здесь же и многочисленные современные троцкистские газеты. Во дворе дома находятся могилы Льва Троцкого и его жены, Натальи Седовой.