Музей современного искусства Крита был основан в 1992 году как "Муниципальная галерея Kanakakis". В его постоянной коллекции находится около 500 работ художника Kanakakis Lefteris (картины, эскизы и акварели), а также работы других современных греческих художников (с 1950 года).
Постоянная коллекция музея формируется за счет пожертвований коллекционеров и художников. Первые пожертвования, которые легли в основу галереи, были сделаны в 1992 году. Большинство работ художника Lefteris Kanakakis были подарены музею членами его семьи и друзьями. Коллекция греческих художников началась с частных коллекций и сами художники предоставляют свои работы в фонды музея.