Этнографический музей был основан профессором Vasilios Kyriazopoulos в мае 1958 года. Он расположен в здании XVIII века рядом с церковью Богородицы Парапортиани, в районе Кастро. Музей состоит из 6 залов, среди его экспонатов любопытная коллекция керамики, вышивки, древних и современных миконосских тканей, коллекции старинной мебели, музыкальных инструментов и икон, ювелирные изделия, старые газеты, фотографии, акварели и пост-византийские скульптуры.
Одним из самых необычных экспонатов является чучело первого пеликана Петроса, служившего живым талисманом острова целых 29 лет. В коллекции есть полностью восстановленная до рабочего состояния ветряная мельница XVI века - одна из 30 мельниц, когда-то работавших на острове. Возле мельницы - маленькая площадка для молотьбы и голубятня. Они представлены в подразделении Этнографического музея - в Сельскохозяйственном музее.
Этнографический музей работает с апреля по октябрь с 16:30 до 20:30 ежедневно, кроме воскресенья.
37.4473, 25.3259