Пинега - приток Северной Двины, имя которой получил заповедник. Как и многие реки русского Севера она широка, но мелка, с многочисленнями песчаными отмелями.
Именно в этих краях в середине прошлого века работал ленинградский геоботаник Сабуров, чья монография "Леса Пинеги" послужила отправной точкой для организации заповедника. Заповедник был основан в 1974 г. по инициативе Ленинградского БИНа. Его большую часть покрывают сумрачные ельники, это настоящая европейская тайга. В заповеднике практически нет прямых троп. Издавна охотники, которые раньше промышляли на его территории, прокладывали свои пути так, чтобы идти по краю котловин и воронок, не спускаясь в них. Другая уникальная особенность заповедника — наличие большого числа пещер, возраст которых составляет десятки, иногда — сотни тысяч лет.