Пещерный храм преподобного Серафима Саровского располагается в здании Келейного корпуса комплекса Свято-Троицкого мужского монастыря. Храм восстановили в 1997 году под Казанским приделом церкви Сергия Радонежского. По преданию, именно в алатырский монастырь для своего иноческого подвига был направлен Прохор Мошнин, позднее прославленный как Серафим Саровский. В Пещерном храме был погребен схимонах Вассиан, настоятель монастыря в конце XVII века. Почитание преподобного Вассиана началось с 1748 года, когда во время расчистки места под строительство каменного здания Собора Пресвятой Троицы был обретен гроб с мощами. Мощи утрачены и точное место последнего погребения подвижника неизвестно, так как перед закрытием обители монахи скрыли от безбожников мощи. В 1904 году был обустроен колодец недалеко от усыпальницы святого Вассиана, куда он, по преданию, сбросил свои вериги и власяницу. В пещерном храме во имя Преподобного Серафима Саровского бьет Вассиановский источник, целебная сила воды которого помогает от многих болезней.