История парафии берет свои корни с 1781 года. На территории бывшего Святокрестского кладбища, принадлежавшего миссионерам, была построена небольшая церковь, остатками которой является сегодняшний Костел Святой Варвары на улице Wspólna. Его архитектура сохранилась неизменной до наших дней, но интерьер сильно изменился из-за разрушений, произошедших во время войны.

Святокрестское кладбище служило местом захоронения умерших (вероятно, в том числе и павших повстанцев) до 1836 года, когда по решению царских властей, запретивших хоронить здесь умерших, преимущественно по санитарным соображениям (из-за высокого уровня грунтовых вод и переполнения этого пригородного кладбища). С тех пор и кладбище, и церковь постепенно погружались в руины. Это продолжалось до 1866 года, когда с 1 сентября этого года церковь-каплица была преобразована в приходскую церковь.

Следует отметить, что это был период стремительного развития Варшавы. В это время в непосредственной близости, на нынешних улицах Jerozolimskie и Nowogrodzka, была построена линия Варшавско-Венской железной дороги, вокзал которой находился недалеко от церкви. Это расположение, а также развитие сопутствующих железной дороге предприятий и промышленности привело к увеличению числа прихожан, проживающих на территории прихода. Скоро стало очевидно, что небольшой костел, вмещающий, в лучшем случае, двести человек, не может обеспечить богослужение верующим. Горячей проблемой стала необходимость строительства новой церкви, соответствующей существующим реалиям.

Уже в начале апреля 1883 года начали копать фундаменты под руководством архитектора Йозефа Дзеконьского, которые были готовы в июне, так что 28 июня 1883 года состоялось торжественное освящение фундаментов и закладка первого камня архиепископом Винцентом Попиелем в присутствии многочисленных прихожан, чья щедрость в значительной степени поддержала строительство. Работы под руководством назначенного комитета и нового настоятеля, отца Владислава Серочинского, проходили эффективно, и уже 29 июня 1886 года архиепископ Попиель торжественно освятил церковь. В это же время на заднем дворе нынешней церкви, на месте нынешней улицы Святой Варвары, была построена каплица-мавзолей Пржедзецких по планам Йержи Вернера.

Внутри храма в 1885 году был установлен мраморный главный алтарь, амвон и крестильница, а также украшения из песчаника.

С 1906 года обязанности настоятеля выполнял епископ Владислав Щеньяк, после его смерти 9 сентября 1926 года обязанности перешли к священнику Йерзи Готье. В это время на внутренних стенах была выполнена фреска с использованием техники сграффито и золочения, весь интерьер был, по словам свидетелей, "сказочно красочным". Война принесла разрушения, начиная с взрыва боеприпасов в сентябре 1939 года находившихся на территории церкви. Это привело к повреждению каплицы-мавзолея Пржедзецких, а также обрушению части крыши и отделки над престолом. Этот относительно небольшой ущерб удалось восстановить уже в 1940 году приходскому священнику Готье, который умер в декабре 1941 года. 

Почти сразу после окончания военных действий в 1945 году приступили к очистке уцелевших фундаментов, и 7 сентября 1946 года архиепископ Антоний Шлаговский мог освятить и положить "первый кирпич" на восстанавливаемые стены. Архитектором нового здания церкви был Станислав Марзынский, профессор факультета архитектуры Варшавского политехнического университета, известный, в частности, реконструкцией Кафедрального собора на Варшавской Старовке и строительством множества церквей в Польше. Строительные работы выполнялись поэтапно, сначала была восстановлена часть фронтонов и первая половина поперечного нефа. Эти работы были завершены 5 декабря 1948 года, и в этот день епископ Зигмунт Хороманский освятил эту часть. Окончательные работы были завершены 17 ноября 1957 года, когда была завершена основная часть церкви вместе с престолом. Эту часть освятил кардинал Стефан Высиньский, Премьер-архиепископ Польши. Параллельно был восстановлен "коściółek" Святой Варвары, а каплицу Пржедзецких разобрали, перевезли строительные материалы и сохраненные элементы каменной мастерской на кладбище в Брудне, где была построена приходская церковь. Одним из сохранившихся элементов украшения этой каплицы является так называемый "Ангел Печали-Смерти", который стал частью убранства церкви.