Воздушными воротами Галапагосского архипелага является аэропорт на острове Балтра.
До 1986 года аэропорт на Балтре был единственным аэропортом на архипелаге, связывавший острова с большой землей. Сейчас есть и второй аэропорт на о. Сан-Кристобаль, но большинство рейсов всё же выполняется с острова Балтра.
В годы Второй мировой войны на острове Балтра (Baltra), имеющим и второе название Сеймур Шур (Seymour Sur) была построена военно-воздушная база США, патрулировавшая Тихий океан в поисках вражеских подводных лодок и прикрывавшая Панамский канал. По окончании войны всё имущество базы было передано правительству Эквадора. Сейчас здесь находится официальная военная база Эквадора.