Краеведческий музей основан в 1992 году администрацией села Холмогоры и располагается в доме, построенном в 1908 году местным богачом Д.Ф. Берденниковым
Музей основан в 1925 году. Первым директором был Н.А. Наконечный. В 1950-е музей был закрыт за отсутствием помещений. В 1960-е открыт усилиями краеведов.
Каргопольский музей основан 27 марта 1919 года, когда каргопольский мещанин Капитон Григорьевич Колпаков передал уездному отделу образования свою коллекцию предметов старины.