Краеведческий музей основан в 1992 году администрацией села Холмогоры и располагается в доме, построенном в 1908 году местным богачом Д.Ф. Берденниковым
Пинежский краеведческий музей был создан на базе школьного музея, организованного учащимися во главе с учителем истории, участником Гражданской и Великой Отечественной войны Стирмановым Василием Ивановичем.