История храма началась в декабре 1993 года, когда иерей Сергий Федосеев, будущий настоятель прихода, получил благословение Высокопреосвященнейшего архиепископа Тихона на строительство храма...
Железнодорожный вокзал в Новосибирске был построен в 1893 году. Это один из крупнейших вокзалов России. Центральная часть здания имеет композицию триумфальной арки, обрамлённой пилястрами тосканского ордера и увенчанной большим аттиком.
11 сентября 1998 года настоятель отец Анатолий в сослужении священника из храма в честь Благовещения Пресвятой Богородицы отца Сергия (Якушкина) освятил церковь во имя Святителя Николая, Чудотворца...
Церковь удачно поставлена на возвышенном участке у железнодорожного моста, в начале главной магистрали города. И, хотя, официальная пропаганда тех лет неизменно подчеркивала роль церкви Александра Невского, как памятника Александру III...