История музея неразрывно связана с именем выдающегося революционера и политического деятеля В.И. Ленина, который жил в Шушенском в ссылке с 8 мая 1897 г. по 29 января 1900 г.
В филиале Национального музея имени А. В. Анохина, расположенном в живописном селе Жана-Аул Кош-Агачского района, хранится уникальная коллекция, посвященная истории и культуре алтайских казахов.