В коллекции уникальное собрание икон сибирского письма и деревянной скульптуры, русская живопись XVIII - XX веков (включая сибирские портреты), небольшое собрание зарубежной живописи, а также богатая восточная коллекция...
История музея неразрывно связана с именем выдающегося революционера и политического деятеля В.И. Ленина, который жил в Шушенском в ссылке с 8 мая 1897 г. по 29 января 1900 г.