Первые упоминания о Селигере встречаются в русских летописях ХII-ХIII веках. В то время озеро, называвшееся Серегер, входило в состав оживленных новгородских путей.
Благовещенский женский монастырь был основан на пожертвования бежецких купцов, открыт 1868 году как женская община, статус монастыря получил в 1879 году.
Первая Екатерининская церковь упоминается деревянной в начале XVII века. Настоящая каменная церковь с Никольским приделом построена вместо двух деревянных (Екатерининской и Никольской) на средства прихожан и пожертвование Екатерины II.