В 1528 году на безлюдном острове озера Селигер поселяется монах Нил (впоследствии русский святой Нил Столобенский Чудотворец), давший обет столпничества. В 1594 году на острове Столобный, посреди озера Селигер, был основан монастырь Нилова Пустынь.
Первая Екатерининская церковь упоминается деревянной в начале XVII века. Настоящая каменная церковь с Никольским приделом построена вместо двух деревянных (Екатерининской и Никольской) на средства прихожан и пожертвование Екатерины II.