Заповедник был создан в 2003 году с целью сохранения уникальных ландшафтов скального массива Их Газарын Чулу и защиты природного биоразнообразия этих мест.
Пещера Хойд Цэнхэр расположена на западе Монголии, в провинции Ховд, в 25 километрах к юго-западу от сомона Манхан. Пещера расположена на возвышенности, на высоте 1571 метр над уровнем моря, на берегу реки Хойд Ценхер Гол, по имени которой и названа.