Музей создан в память о жизни первооткрывателя Николая Михайловича Пржевальского. Музей был открыт в 1957 году, за первые три года существования музея было собрано около 386 экспонатов.
От знаменитого караван-сарая Таш-Рабат вдоль одноименного ущелья, можно добраться на головокружительный перевал Таш-Рабат, откуда видна уже граница с Китаем.