Высокогорная Алайская долина расположена на самом юге Кыргызстана. Эта тектоническая впадина, ограниченная с севера Алайским и с юга Заалайским хребтами.
Национальный парк, находящийся на высоте 1500-4895 метров над уровнем моря, в 41 км от города Бишкек и занимающий территорию примерно в 20 тысяч гектаров, включает в себя все ландшафтно-климатические зоны.