После того, как в 1697 году вильнюсский воевода Казимирас Йонас Сапега (рус. Ян Казимир Сапега) передал Шнипишкес иезуитам, здесь началось строительство костела св. Рафаила Архангела.
Ещё в 1543г., на месте настоящего костёла, Вильнюсский эпископ П.Алсенишкис построил готическую часовню. Дом, находящийся рядом с часовней, монахи бонифраты ХVII в. перестроили в костёл в стиле барокко.