Ещё в 1543г., на месте настоящего костёла, Вильнюсский эпископ П.Алсенишкис построил готическую часовню. Дом, находящийся рядом с часовней, монахи бонифраты ХVII в. перестроили в костёл в стиле барокко.
В этом здании обосновался Окружной суд, во время нацистской оккупации – гестапо. Во время советской оккупации здесь был КГБ, где держали в заключении, пытали и убивали борцов за литовскую государственность.