Вильнюсский университет – один из старейших университетов Восточной Европы. Он был основан в то время, когда в Литве распространялись идеи реформации, для борьбы с которой были приглашены монахи иезуиты.
После того, как в 1697 году вильнюсский воевода Казимирас Йонас Сапега (рус. Ян Казимир Сапега) передал Шнипишкес иезуитам, здесь началось строительство костела св. Рафаила Архангела.