На территории резервата обитает около 40 типичных таежных видов млекопитающих: соболь, белка, американская норка, ондатра, лось, дикий северный олень. Четыре вида занесены в Красную книгу Якутии: изюбрь, косуля, выдра и рысь. Зачастую встречаются обитатели горной тайги: росомаха, кабарга, бурый медведь, северная пищуха. Именно здесь сохранились единственные на юге Якутии места обитания редкого для фауны республики черношапочного сурка, также занесенного в Красную книгу Якутии. Орнитофауна ресурсного резервата имеет достаточно сложную структуру, что объясняется горным характером местности и наличием выраженной зональности. Здесь гнездится или встречается на пролете более 180 видов птиц. Типичными являются представители сибирского и арктического фаунистических комплексов: каменный глухарь, рябчик, кедровка, белая куропатка, пуночка, белая сова. Из редких и исчезающих видов, занесенных в Красную книгу России, отмечаются: сапсан, черный журавль, черный аист, беркут, скопа, орлан-белохвост, кроншнен-малютка, лебедь-кликун, филин. Амфибии и рептилии представлены тремя видами, а рыбы - 18 видами. В истоках рек Черода и Черодокан нерестится таймень, поднимающийся даже из р. Лена, удаленной от нерестилищ более чем на 400 километров. В высокогорных озерах в районе хребта Удокан обитают редчайшие виды рыб, которые либо внесены в Красную книгу России, либо вообще настолько слабо изучены, что до сих пор не определена их систематическая принадлежность.