Единственный в России Музей янтаря был открыт в 1979 году. Он расположен в центре Калининграда, на берегу озера Верхнее, в крепостной башне Дона. Экспозиция музея расположена на трех этажах здания, общей площадью около 1000 квадратных метров.
Зоопарк Калининграда располагается на территории бывшего Кёнигсбергского зоопарка, который был основан в 1896 году Германом Клаассом, немецким предпринимателем. На территории зоопарка расположен дендропарк с экзотическими деревьями и кустарниками.
Музей Мирового океана, расположенный в Калининграде, — первый в России комплексный маринистический музей. Он имеет экспозиции, посвящённые судоходству, морской флоре и фауне, геологии и гидрологии мирового океана, а также маринистическую библиотеку.